國家發改委在2006年《關于進一步整頓藥品和醫療服務市場價格秩序的意見》規定：縣及縣以上醫療機構銷售藥品，以實際購進價為基礎，順加不超過15%的加價率作價。在具體執行中，各地制定了明確細則，部分省市要求醫院售藥以500元為線：單價500元以下的藥品，加價15%；單價超過500元的藥品只加價75元，由此，大多數醫院能夠保持加價率低于15%，這里的加價收入就是藥品加成收入。

政府負責試點公立醫院基本建設和大型設備購置、重點學科發展、符合國家規定的離退休人員費用和政策性虧損補償等，對試點公立醫院承擔的公共衛生任務給予專項補助。公立醫院要保障政府指定的緊急救治、援外、支農、支邊等公共服務，政府將提供經費保障。對中醫院(民族醫院)、傳染病醫院、結核病醫院、職業病防治院、精神病醫院、婦產醫院和兒童醫院等在投入政策上予以傾斜。嚴格控制公立醫院建設規模、標準和貸款行為。

在三年醫改中，哈市逐步將試點公立醫院補償由服務收費、藥品加成收入和財政補助三個渠道改為服務收費和財政補助兩個渠道。公立醫院將逐步消除藥品加成，不得接受藥品折扣。醫院由此減少的收入或形成的虧損將通過增設藥事服務費(是指患者享受醫生診斷和藥品調劑等服務所交的費用)、調整部分技術服務收費標準和增加政府投入等途徑解決。藥事服務費將納入基本醫療保險報銷范圍。積極探索醫藥分開的多種有效途徑，適當提高醫療技術服務價格，降低藥品、醫藥耗材和大型設備檢查價格。